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许多益生菌株在胃肠道内可产生消化酶，这些酶可帮助人体更好地消化所摄入的食品及吸收食品中的营养成分。益生菌还可竞争性抑制有害微生物吸收营养物质及进入血液循环系统。嗜酸乳杆菌是这方面的代表菌株，可分泌消化乳糖的乳糖酶，从而缓解乳糖不耐症。
益生菌是一个适合在低温环境下生存的菌种，2001年3月中国卫生部发布了卫法监发〔2001〕84号,益生菌类保健食品评审规定第十条明确指出：不提倡以液态形式生产益生菌类保健食品活菌产品，因益生菌已经过科学实验认证液态存活非常难,且益生菌怕水,所以消费者在购买益生菌的时候一定要选择冷藏运输,或者在超市冰柜冷藏柜中的益生菌粉状，而其他一些液态饮料以及网络销售的无冷藏运送的产品益生菌存活非常低。
菌株决定功效。所有益生菌都是按属、种、株三个层次划分的，益生菌的功效是以“菌株”为准的。以动物双歧杆菌B益畅菌为例，双歧杆菌是属，动物双歧杆菌是种，DN-173010是株，动物双歧杆菌DN173010所具有的对消化系统的改善作用并不意味着所有的双歧杆菌都具有一样。
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